Matlab,由Math Works公司开发,作为一款广泛应用的编程语言,也被广泛用于fMRI数据的处理和统计分析,其灵活性和可扩展性深受好评。
这个具体要看你想处理到什么程度,一般做通用线性模型分析用SPM8足够,而且软件免费。当然还有很多其他软件比如BrainVoyager、FSL、Freesurfer、MRIcron,都可以做不同的功能,文件类型基本也能互相兼容。
SPM与DPABI是fMRI预处理工具的重要组成部分,本文将详细介绍它们的使用方法与流程。SPM(Statistical Parametric Mapping)入门案例包括三个阶段: SPML1基础应用, SPML2进阶应用, SPML3高级应用。每个案例都提供了详细的SPM界面介绍,帮助用户理解其处理流程。
数据处理对电脑没有特定的配置要求,一般普通的电脑都可以处理的。
1、数据下载与准备首先,从网站获取sub-01的数据,包含21个被试,本文将以sub01为例进行操作。 启动Matlab与SPM启动Matlab,设置工作路径,然后输入spm命令,进入fMRI菜单处理数据。
2、首先,获取所需数据。登录网站,下载sub-01的实验数据,共计21个被试,本文仅使用sub01的数据。启动Matlab并设置工作路径,接着运行SPM,进入fMRI菜单。接下来进行关键步骤:0 前期准备与数据下载在开始正式操作前,需要从网页获取sub-01的数据文件。
3、SPM12应用于单个被试任务态fMRI数据预处理,此过程涉及多步骤确保数据质量。预处理的数据主要存储于Fun文件夹中,代表功能像数据,而T1文件夹存放已格式转换的结构像数据。使用SPM工具箱,首先在MATLAB中打开,建议先还原默认设置以确保无误添加SPM工具箱。工具箱位置在MATLAB安装目录下的适当位置。
4、一步配准:直接对功能像进行配准,查看配准结果。两步配准:先对结构像进行配准,然后应用该配准到功能像上,同样检查配准效果。完成配准后,可以通过点击smooth进行进一步的数据平滑处理,以减少噪声影响。
5、第一步:对于任务态数据的格式转换,我们首先启动dcm2niigui。接着,将task文件夹内任意一个.dcm文件拖入到界面中。软件会自动识别并转换文件夹内所有.dcm文件,最终生成一个.nii格式文件,即为转换后的数据。第二步:进行结构像数据的格式转换时,同样在dcm2niigui中操作。
Restplus-fMRI任务态数据分析的批处理方法简化了多被试预处理步骤。在SPM传统操作中,单个被试的预处理过程繁琐,涉及到逐个步骤的执行。为提升效率,我们推荐使用Restplus工具包,其能够对多个被试的数据进行批量预处理。首先,被试数据应按照特定格式存储。